A Matematika Doktori Iskola (vezetője: Dr. Faragó István egyetemi tanár, MTA doktora) három doktori programot foglal magában:
- az Elméleti matematika doktori programot (vezetője: Dr. Szűcs András MHAS, egyetemi tanár),
- az Alkalmazott matematika doktori programot (vezetője: Dr. Karátson János egyetemi tanár, MTA doktora), és
- a Didaktika programot (vezetője: Keleti Tamás tanszékvezető egyetemi tanár. MTA doktora)
A felvételi és más hivatalos eljárásokkal kapcsolatban a Természettudományi Kar Szervezett doktori képzés oldalán lehet tájékozódni.